Durante a segunda metade do século XVI, a costa sergipana era frequentada pelos traficantes normandos do pau-brasil. Era a barra do rio Sergipe (barra do Cotinguiba, como então era chamado) o ponto preferido por esses aventureiros. Portugal pôs fim à pirataria através da conquista das terras intermediárias. entre Bahia e Pernambuco, realizada por Cristóvão de Barros.
Segundo alguns historiadores, o atual Município teria abrigado, nos primeiros anos de sua fundação, a sede do Governo da Capitania de Sergipe-del-Rei - São Cristóvão , fundada por Cristóvão de Barros em 1589, na costa ocidental da ilha dos Coqueiros, à margem esquerda do rio Sergipe e próximo de sua foz, local que corresponde, hoje, ao da Cidade de Barra dos Coqueiros. Era, então, povoado ou, talvez, apenas cidadela.
A 10 de maio de 1875, por fôrça da Resolução n.° 1028, a antiga Capela de Nossa Senhora dos Mares da Barra dos Coqueiros foi elevada à categoria de freguesia (nunca provida eclesiàsticamente). A Lei estadual n.° 525-A, de 25 de novembro de 1953, criou o Município, desmembrado de Aracaju, compreendendo apenas a ilha de Coqueiros. É constituído de um único distrito, que é termo da Comarca de Aracaju.
A cidade de Barra dos Coqueiros fica à margem esquerda do rio Sergipe, bem defronte à cidade de Aracaju, da qual dista menos de um quilômetro. Altitude sobre o nível marítimo: 5 metros. O clima do Município é úmido e quente. A temperatura média oscila entre 30 e 20° C. O período chuvoso estende-se de abril a junho. Localiza-se na zona fisiográfica do litoral do Estado de Sergipe.
O Município estende-se em direção SE-NO, ao longo do litoral atlântico. Vários rios descrevem-lhe a fronteira com os Municípios vizinhos: o Sergipe (navegável), com o de Aracaju, a leste; o Pomonga e o canal do mesmo nome, na direção SE-NO, com o de Santo Amaro das Brotas; e o Japaratuba, ao norte, com o do mesmo nome. A superfície municipal é de 86 km².
O Município liga-se por via fluvial com o de Aracaju (10 minutos) e Santo Amaro das Brotas (2 horas e 20 minutos). Por via mista, fluvial até Aracaju (10 minutos) e daí, por rodovia - BR-11, SE-2 e SE-4 - (2 horas e 40 minutos) ou ferrovia - VFF Leste Brasileiro - (3 horas), alcança-se o de Japaratuba.
Em Barra dos Coqueiros havia, em 1960, 4 577 habitantes, segundo dados preliminares do último Censo Demográfico. A população urbana de 2 551 pessoas refere-se à cidade, única aglomeração deste tipo existente. Foram contados 982 domicílios. Densidade demográfica: 53 habitantes por quilômetro quadrado.
A abundância de peixes (atum e cavala, principalmente) e crustáceos, no litoral atlântico e nos rios, estimula a pesca, que é feita rotineiramente. O sal marinho constitui a única riqueza mineral, explorada por duas salinas situadas à margem do rio Pomonga. Em 1960, a pesca não colonizada, feita por 72 pescadores, rendeu 7,9 toneladas, no valor de meio milhão de cruzeiros.
Formação Administrativa
Gentílico: barra-coqueirense
Distrito criado com a denominação de Barra dos Coqueiros, pela lei municipal nº 84, de 27-011903, subordinado ao município de Aracaju.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito figura no município de Aracaju.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Elevado à categoria de município com a denominação de Barra dos Coqueiros ex-povoado, pela lei estadual nº 525-A, de 25-11-1953, desmembrado de Aracaju. Sede no atual distrito de Barra dos Coqueiros ex-povoado. Constituído do distrito sede. Instalado em 31-01-1955.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Fonte: IBGE